甲肝疫苗免費的和自費的沒有區別，只是在不同的時間段，有計劃免疫之內的和計劃免疫之外的區別，即免費和自費的區別。使用甲肝疫苗是預防甲肝病毒感染，甲肝病毒的易感人群主要是嬰幼兒和青少年，此類人群的發病率較高。因此國家把甲肝疫苗的接種，列入計劃免疫當中。

免費甲肝疫苗在1.5-2.5歲的時間段接種2次，除此年齡段，如果由於某些特殊的要求，需要再次接種甲肝疫苗，不屬於計劃免疫範圍之內，這時需要自費進行接種。甲肝疫苗以前使用兩種，一種是減毒疫苗，另一種是滅活疫苗。現在基本使用滅活疫苗較多，由於相對減毒的疫苗，滅活疫苗穩定性和在運輸當中的質量保證，可能較為安全。減毒的疫苗在運輸和保存時，對於溫度的要求較為嚴格，如果有保存不當的情況，可能會影響疫苗質量，影響免疫效果。