顧名思義，內麥粒腫即麥粒腫向眼睛內深層組織生長，翻開眼皮，會發現麥粒腫的主要炎症部位在瞼結膜上。內麥粒腫需要使用抗生素滴眼或夜間睡眠時用抗生素眼藥膏、抗生素進行治療。若內麥粒腫出現淡黃色的膿腔，這時需要從眼瞼結膜面進行切開引流術，將膿液引流出，內麥粒腫會逐漸恢復。

因此其實內麥粒腫的整體治療與外麥粒腫基本相同，但外麥粒腫是在皮膚面切開膿腫，而內麥粒腫是在瞼結膜面切開引流，二者的切口方向並不相同。