隱匿性乙肝是特殊乙肝病毒感染狀態，仍可出現肝炎活動而使肝臟受損，引起肝細胞炎症、壞死、損傷，肝功能可表現為轉氨酶升高。隱匿性乙肝時化驗常規乙肝病毒標誌物，如乙肝五項，表面抗原是陰性，但HBV-DNA陽性提示病毒複製水平可達到1×104、11×105甚至以上。

此時說明乙肝病毒合成表面抗原的基因發生變異，不能合成表面抗原，所以呈陰性，通常可排除乙肝病毒現症感染。但有極個別患者有乙肝病毒感染時，表面抗原是陰性，即病毒編碼表面抗原區域發生變異，不能合成表面抗原。此時病毒仍可以大量複製，化驗DNA可呈陽性，肝功能可提示肝臟受損。