半夜醒來眼睛疼的原因有多種，具體如下：

1、感染性疾病：比如眼瘡、麥粒腫，這種情況是眼皮疼痛，尤其是化膿時眼皮會較脹，晚上疼痛較劇烈；

2、視疲勞：比如近幾天用眼多，尤其是熬夜會造成晚上眼睛脹痛；

3、乾眼症：一般是白天用眼較多，尤其是用電子產品，比如手機、電腦，造成眼表損傷，尤其是角膜上皮點片狀脫落，到了晚上也會引起眼睛異物感加重，引起眼睛疼痛；

4、青光眼急性發作：閉角型青光眼往往在晚上大發作，因為晚上關燈之後沒有光線，瞳孔散大，一剎那就會引起房角關閉，引起閉角型青光眼急性大發作，眼睛會脹疼，同時伴有半邊頭疼，出現噁心、嘔吐等症狀。