乙肝病毒表面抗原量不能反映乙肝嚴重程度，只能反映體內感染乙肝病毒。所以抗原定量檢測只能反映乙肝病毒在肝細胞中數量的多少，不能反映乙肝病毒對肝臟造成損傷的嚴重程度。反映肝臟嚴重程度的指標是肝臟生化指標檢查，即肝功能檢查，以及凝血功能、肝臟影像學檢查。因此對於乙肝患者的病情判斷，要化驗乙肝五項、HBV-DNA(乙肝病毒基因)，明確乙肝病毒在體內的複製程度，以及肝組織中乙肝病毒含量。同時還要做肝功能、凝血功能、血常規，以肝臟超聲、CT、核磁等，才可以反映肝臟肝組織的受損程度。

如果生化指標和影像學指標不能更加準確判斷肝臟損傷的程度，還可以做肝組織活檢。通過肝組織活檢進行病理切片，在顯微鏡下更加直觀地觀察肝細胞炎症損傷以及纖維組織增生情況。通過此指標判斷，可以更加直觀反映肝臟的炎症損傷以及纖維化增生。