甲型流感病毒的抗原陰性，這是一個沒有問題的情況。甲型流感病毒的抗原在輔助檢查中，有時可以檢查到。在臨床上有可能同量應用的還有血清中的甲型流感病毒的抗體檢測，可以進行補體結合試驗或者血凝抑制試驗。

但是甲型流感的診斷大多是以臨床症狀為主，結合流行病學資料及類似病人的密切接觸史，也就是說大多是臨床診斷。如果能夠檢測甲型流感病毒抗原，並且是陰性，就說明很可能不存在甲型流感病毒的感染。