小腹疼痛和腰疼的原因主要如下：

1、女性常見的原因是月經期間盆腔充血，盆腔一系列刺激所造成。在月經期間，要多注意休息、多注意保暖，可能緩解症狀；

2、如果是已婚、已產的女性，可能盆腔有炎症，但未婚、未育的女性，可能也會造成盆腔有炎症的問題存在，可以是慢性盆腔炎。慢性盆腔炎，常見的是經過尿路的感染，以及經過陰道的感染，容易引起小腹疼痛和腰痛。通常可以找婦科醫生幫助檢查和調理；

3、其它疾病：例如潰瘍性結腸炎，本身就是全身免疫性的疾病，再加上有直腸的刺激症狀，可能也引起上述表現。此外還要考慮盆腔腹膜後即，如骶前有無大的腫瘤、大的佔位性疾病。這些疾病可能刺激到腰椎、脊椎的神經，同時影響到小腹的疼痛，通常需要做腹部的CT檢查進行排除。