新生兒如果出現了消化道出血，應該積極的擴容補充血容量，維持血壓的穩定，保證各個臟器基本的供血的需要。同時，也應該積極地明確病因，常見的包括顱內出血併發的急性應激性潰瘍，也有原發於消化道的原發性病變，還有凝血功能障礙導致消化道出血。

在治療的同時，應該給予止血的藥物，同時根據化驗的結果選擇治療方案，嚴重失血導致的貧血，應給予輸血治療。如需手術止血治療，在病情允許的情況下，可以選擇進行手術治療止血，切除原發病變。在治療期間也容易併發因為臟器缺血而繼發的器官功能衰竭的症狀。