腸炎是一種籠統的說法，根據不同腸炎需要採取不同的治療措施：

一、細菌感染性的腸炎，主要是進食不潔的食物後導致腸道的細菌繁殖，引起腸黏膜的充血水腫以及腸蠕動的加快，對於此類的腸炎可用口服，或靜脈輸注左氧氟沙星合併甲硝唑的方式來治療，必須補充水電解質，以免發生脫水和電解質紊亂。

二、放射性腸炎，主要由於腫瘤行放射性治療後，發生腸道上皮的充血水腫和腸壁的纖維化，對於此類的腸炎其無明顯特效的治療，主要是注意飲食以及可適量服用益生菌，如雙歧桿菌三聯膠囊、藿香正氣液等，並可定期口服導瀉的藥物，如麻油、果導、番茄葉等。

三、炎性的腸病，如克羅恩病潰瘍性結腸炎，屬於自身免疫性腸炎。一般明顯的藥物難以治癒，只可以用免疫抑制劑來控制症狀，以及延緩病情發展。