腸炎的發生有一定的季節性，和不合理的飲食相關。在發作的急性期，成年人可以選擇廣譜的喹諾酮類抗生素，常用的有諾氟沙星膠囊，就是氟哌酸，也可以選擇左氧氟沙星片，可以配合應用緩解痙攣的藥物，常用的有莨菪片。兒童可以選擇廣譜的頭孢菌素，如頭孢氨苄片、阿莫西林膠囊等。

在治療期間應該注意飲食調理，必要時還需要禁食水，或者以清淡飲食為主，每天也要注意保持水分、熱量的攝入，因為反覆腸炎的發作或者腹瀉，會導致液體丟失，病人也會出現明顯的乏力，甚至食慾下降，有明顯進食後的噁心、嘔吐現象。必要時可以給予保護胃腸道黏膜、止吐的藥物，常用的有奧美拉唑。