如果是急性胃腸炎患者一般需要應用抑酸、保護黏膜、調節腸道菌群、助消化，必要時可以加用抗生素來抗感染治療。

抑酸藥物可以選擇奧美拉唑、泮托拉唑、蘭索拉唑、雷貝拉唑等，保護黏膜藥物可以選擇硫糖鋁、鎂加混懸液、甘羥鋁等，助消化藥物可以選擇米麴菌胰酶片、複方消化酶，調節腸道菌群藥物可以選擇地衣芽胞桿菌、枯草桿菌二聯活菌膠囊、雙歧桿菌三聯活菌片等，抗生素一般建議選擇左氧氟沙星、頭孢他啶以及替硝唑、奧硝唑等。如果是慢性胃腸炎患者，一般多選用抑酸、保護黏膜、助消化、調節腸道菌群以及解痙的藥物，可以根據患者症狀來進行選擇。