急性細菌性心內膜炎需及早治療，採取有效抗生素治療是治癒本病最根本因素。一般選用大劑量青黴素、鏈黴素、頭孢菌素等殺菌劑，並維持血液中有效血藥濃度。藥物可穿透血小板纖維素贅生物，殺滅贅生物中的纖維蛋白和血栓，掩蓋表面細菌達到根治瓣膜感染、減少復發的危險。

藥物治療無效時患者應選擇外科手術治療，凡出現瓣膜功能減退或不易糾正的心力衰竭、持續膿毒血癥及贅生物栓塞，均屬於手術治療指徵。