目前認為草綠色鏈球菌是亞急性細菌性心內膜炎最常見的致病菌，當心髒的內膜出現損傷或者心臟瓣膜損傷時，草綠色鏈球菌通過皮膚創口或者與外界相通的腔道，比如消化道或者呼吸道，進入人體的血液循環，隨著血液循環定植在心臟瓣膜上，形成贅生物。贅生物表面會有纖維蛋白的沉積，最後亞急性細菌性心內膜炎的致病菌積聚在贅生物的核心部位，當贅生物脫落時，這類細菌就隨著贅生物，定植到其它人體重要臟器上。

如果落至肝臟表面，會導致肝膿腫。如果脫落到顱內，會導致腦內的感染，比如腦膿腫。如果定植在腎臟上，可以造成腎臟膿腫。總之，亞急性細菌性心內膜炎，最常見的致病菌是草綠色鏈球菌。在血培養結果出來前，一旦診斷亞急性細菌性心內膜炎，可以預防性使用針對草綠色鏈球菌的藥物。