對於心內膜炎診斷首先是進行心臟彩超，其為最好的診斷方法。心臟彩超可以觀察到心臟瓣膜處有贅生物形成，此贅生物大部分是合併細菌的贅生物，會存在細菌、炎症細胞、纖維素、血小板，但是有時做彩超不一定能夠觀察到很小的栓子。另外對於其它檢查，比如心臟CT、核磁共振能夠進行輔助參考。

患有感染性心內膜炎時，需要做血液細菌培養，明確細菌類型。常見的感染性心內膜炎，一般革蘭氏陽性菌感染較多，比如鏈球菌、金黃色葡萄球菌等。醫生在進行細菌培養時，需要做血培養加藥敏檢查。另外對於感染性心內膜炎需要明確病人的基礎情況，比如對於體質非常差的患者需要做全身調整。抗生素治療是非常重要治療，需要長時間、足量治療。