感染性心內膜炎手術換瓣之後的效果與術前患者的總體情況有很大關係，若患者術前感染比較重，患者整個身體機能出現衰竭，可能會因為感染問題引起其它器官功能障礙，比如出現肝功能異常、腎功能異常，甚至腦栓塞等併發症。

若手術後把心內感染灶祛除掉，換上好的瓣膜，患者的血流動力學會得以改善，但這類人群可能恢復比較慢。
若感染毒力比較強的細菌，術後在抗感染的過程中若無法通過藥物徹底將體內病原菌殺滅，血內致病菌可能會附著在瓣周組織上，引起瓣周感染，使患者出現瓣周瘻甚至瓣周膿腫，這類患者需要再次處理瓣膜問題。所以手術效果怎麼樣，主要是根據患者感染的具體情況決定，手術本身並不是最主要的問題。