室間隔缺損的併發症包括支氣管肺炎、充血性心力衰竭、肺水腫以及感染性心內膜炎，但並非每個室缺患者都會出現併發症，越小的缺損對機體的影響也越小，因此患者可能不出現臨床併發症。當室間隔缺損為中、大型時，常由於左右心肺血的異常改變而出現臨床併發症，具體如下：

1、肺炎：肺炎好發於嬰兒，冬春季多見，表現為發熱、咳嗽，肺部存在固定的溼囉音，嚴重時還會導致呼吸衰竭，X線可觀察到患者兩肺紋理增濃以及斑片影；

2、充血性心力衰竭：嬰兒出現充血性心力衰竭時表現為餵養困難、出汗較多、消瘦、生長發育落後等，體檢時會發現患者肝大，同時伴有心跳、呼吸加快；

3、肺水腫：肺水腫為更嚴重的併發症，除咳嗽、呼吸困難外，還可聽到雙肺哮鳴音，患者臉色蒼白、口唇青紫，並伴有呼吸困難，可聞及兩肺細溼囉音；

4、感染性心內膜炎：此類患者常表現為發熱、疲倦、體重減輕、貧血、肝脾腫大、栓塞以及特殊皮疹等，常合併心力衰竭。

兒童合併上述併發症時常危及生命，建議儘早前往醫院就診。