室間隔缺損幾乎沒有自愈的可能，室間隔指左心室和右心室之間的隔膜。由於左心室、右心室之間過大的壓力差產生一個持續的血流交通，疾病早期主要從左心室往右心室流動，因為左心室壓力比較高，尤其在收縮期，遠超過右心室壓力。

室間隔缺損與先天性心臟病卵圓孔未閉不同，中間有像門一樣能擺動的隔膜，有時壓力將隔膜貼住，不會使血液產生分流。室間隔缺損中間沒有像門一樣能擺動的隔膜，只是空缺，空缺越大，影響越大，加之持續的異常血流通過，缺損無法自己閉合，多數需要手術治療，如外科開胸手術。部分患者缺損位置和大小可以進行介入微創手術治療，將缺損閉合。