心臟瓣膜病的病因較多，最常見的風溼性心臟瓣膜病是由於患者對鏈球菌的清除能力導致機體內產生抗體，並與心臟瓣膜間進行相互作用，為一種炎性改變。除此之外，瓣膜勞損退行性病變及心肌缺血皆易引起瓣膜病。若患者感染後，亦可影響心內膜，使機體患感染性心內膜炎。由於感染的細菌附著在瓣膜上，破壞了其正常結構，亦可導致心臟瓣膜病。另外，自身免疫性疾病、創傷性疾病皆可引起心臟瓣膜病。