臨床上心內膜墊缺損術後需關注肺動脈壓力、心功能恢復的情況以及常規外科手術注意事項，如傷口癒合情況、是否需要營養支持等。此外，據經驗和國外文獻顯示，80%以上進行心內膜墊缺損的手術患者，可在20年內免於再次手術，但不代表可以忽視，術後需密切觀察恢復情況，定期隨訪，終身堅持專業複查。 

兒童在行心內膜墊缺損手術後的恢復，具有個體化差異，如臨床上常見21-三體綜合徵患兒，若合併嚴重的肺動脈高壓，則恢復時間較長，恢復程度有限。但是大部分接受心內膜墊手術的患兒，恢復後同正常兒童無異。