心內膜墊缺損根據病變的類型可以分為部分性心內膜墊缺損和完全性心內膜墊缺損，有一部分孩子也會合並21-三體綜合徵，也就是唐氏綜合徵。對於合併唐氏綜合徵的心內膜墊缺損的患兒來說，肺動脈高壓的進展會高於不合並21-三體綜合徵的患兒，所以這部分患兒的預後根據孩子的病變程度和病變類型，以及是不是合併其它的問題而千差萬別。事實上，由於心內膜墊的缺損每一個孩子的發育程度不同，病變程度都不一樣，所以預後存在很大的個體化差異，同時還與手術醫生的瓣膜成形水平的高低有直接關係，以及與孩子遠期的預後，和遠期是不是需要再次手術干預有關。對於合併有21-三體綜合徵的患兒來說，遠期預後會略差於不合並21-三體綜合徵的孩子。