新生兒甲狀腺功能的異常，要給採用下面的辦法處理。

首先是應用甲狀腺片補充替代治療，因為新生兒甲狀腺功能的異常，包括新生兒甲狀腺功能的減退，及甲狀腺功能的亢進兩種情況。最常見的是新生兒甲狀腺功能減退症，如果孩子患有甲狀腺功能減退症，會引起體內新陳代謝率的過慢，出現粘液性的水腫、心率慢，影響孩子的智力，要及時補充甲狀腺片。

其次是抑制甲狀腺的功能，如果甲狀腺功能的亢進，會出現眼睛突出、心率快等情況，要積極的抑制孩子的甲狀腺功能。