確診為運動神經元病的患者預後通常不好。伴隨著病情延長，多數患者在發病後的3-5年可死於呼吸功能衰竭以及呼吸系統相關的併發症。少數患者可在伴有終身殘疾的情況下存活較長時間，而有較好醫療條件支持和家庭支持的患者生存期可以得到一定的延長。常規的肌萎縮側索硬化症或者運動神經元病不存在自愈表現，但是有時可以看到肌萎縮側索硬化症治癒的新聞，其實更可能是類ALS綜合徵的治癒，即類似肌萎縮側索硬化的臨床症狀得到改善。
在臨床上，診斷運動神經元病需要注意篩查是否存在於腫瘤、甲亢、風溼性免疫病等誘發類肌萎縮側索硬化綜合徵的疾病。類肌萎縮側索硬化綜合徵與肌萎縮側索硬化症的治療不同，應以控制病因為主。臨床上曾經有患者前來就診時，表現為典型的肌萎縮側索硬化症狀，隨訪半年後發現該患者風溼免疫性疾病的相關指標明顯增高。後來按照風溼治療，各項指標恢復正常，11年內肌萎縮側索硬化的症狀並沒有再次發展。此病例中肌萎縮側索硬化與風溼免疫病的同時出現，較難稱為只是巧合。所以一定要鑑別是原發性的、還是繼發性的肌萎縮側索硬化性疾病。