腦萎縮不可逆，無法讓腦細胞再生，僅可延緩進一步萎縮。腦部神經元是永久性細胞，一旦丟失、死亡，就不可能再生。所以腦萎縮的治療方式相當有限。

臨床上依據不同病因會有不同的預後。如果腦萎縮繼發於外因，比如外傷之後，手術之後局灶腦萎縮，或者以前中毒，比如一氧化碳中毒，或低氧、低血糖，去除誘因之後可以進行康復鍛鍊恢復。對於退行性疾病，比如非常常見的阿爾茨海默病，是神經元退化凋亡的過程。對於這種情況，目前在早期可以有保護腦細胞的藥物，比如多奈哌齊、茴拉西坦等，但只能延緩萎縮速度，並不能逆轉疾病。