骨髓增生異常綜合徵的後期會出現比較嚴重的血細胞減少，患者表現為嚴重貧血，血小板減少，出血，容易感染，甚至出現有皮膚出血，包括內臟出血，比如消化道、呼吸道、顱內，部分患者可以轉化為急性白血病，侵犯中樞神經系統、皮膚以及關節等。

骨髓增生異常綜合徵後期一般會出現比較嚴重的白細胞減少，病人會因此出現嚴重感染，比如肺部感染、消化道感染以及泌尿系感染、皮膚軟組織感染，這種感染一般難以控制，出現感染性休克甚至死亡。因為造血功能受到抑制，患者會出現比較嚴重的貧血，很多病人來住院的時候，血色素僅有1-2g/L，也就是血紅蛋白值在10-20g/L之間，患者生活質量很差，容易出現疲乏無力。

出血主要表現在鼻腔、口腔黏膜以及呼吸道咯血、咳嗽、痰中帶血，甚至大窒息情況，消化道出血一般比較少見，很多病人以表現黑便為主，最重要的情況是出現有顱腦出血，一般難以治療，常常導致病人死亡。