睡眠障礙臨床診治時需要進行鑑別診斷。鑑別診斷中首先患者病史需要描述清晰，如失眠還是睡眠存在異常行為，建議患者就醫時把情況詳細與醫生進行描述。到醫院後可以進行相關檢查以便鑑別，一般性檢查，如血生化檢查、內分泌檢查以及頭顱核磁、CT、腦電圖檢查均可為醫生提供鑑別診斷依據。

睡眠存在較專業檢查，如多導睡眠監測，屬於睡眠中心較專業檢查項目。患者通常要在睡眠中心進行一夜睡眠檢查，腦電、心電、血壓、呼吸、血氧、鼾聲、視頻等均需採集，能夠診斷多種疾病，尤其對於夜間存在異常行為表現患者，睡眠監測是一項必要檢查項目。除此之外還有日間多次小睡潛伏期試驗可評估患者日間有無嗜睡問題以及日間精神狀態。體動儀監測，患者可佩戴1-2周體動儀，這樣可明確患者晝夜節律，以便診斷晝夜節律相關睡眠障礙。因此臨床需要考慮不同疾病會給患者提供相應不同檢查，以便明確診斷。