新生兒化膿性腦膜炎常見病原菌有大腸桿菌、葡萄球菌、鏈球菌。

大腸桿菌多源於母親產道或嬰兒腸道，葡萄球菌多見於新生兒皮膚感染或臍帶感染。還有一種無乳鏈球菌，可以源於產道、皮膚、消化道等。此類細菌致病能力強，引起炎症反應較重，是成人常見定植菌，致病力較弱，可以與成年人共生，對抵抗力正常的成年人幾近無害。同時因為是常見定植菌，對抗生素耐藥多，當新生兒感染細菌發病時治療難度較大。