新生兒化膿性腦膜炎是比較嚴重疾病，其死亡率較高，發生後遺症幾率也較高。新生兒化膿性腦膜炎常見後遺症包括癲癇、感應性耳聾、神經運動發育異常、智力低下、學習困難、學習障礙等。

發生化膿性腦膜炎時，一定要積極配合治療，要足量療程，長期觀察才能夠減少後遺症發生。一旦發生以上後遺症時，針對後遺症還應該進行相應治療。如在癲癇發生時可能要進行癲癇灶消融，部分患兒可能要長期服抗癲癇藥。如果出現精神運動發育障礙、智力低下等狀況，可能面臨長期康復治療。