紅細胞增多症可以用化學藥物進行治療，主要目的是降低紅細胞數、降低血液粘稠度。通常首先阿司匹林抗血板凝集，其次可以選用化學藥物治療控制紅細胞數，常用的藥物有羥基脲、白消安、高三尖杉酯鹼等。

應用這些藥物治療應該定期監測血常規，防止白細胞降得太低，引發感染。

有條件可以應用干擾素，如果有JAK2基因突變可以選用JAK2抑制劑，比如蘆可替尼進行治療。