造血幹細胞移植的併發症分成三個部分：

一、預處理期間的併發症：主要是在輸注幹細胞之前，進行大劑量的放化療毒副作用，包括心、肝、腎的毒性損傷，消化道症狀，口唇潰瘍，出血性膀胱炎以及神經系統損傷等。由放化療引起的骨髓抑制，引起粒細胞減少、血小板減少、感染和出血等；

二、移植後近期的併發症：

1、最常見的是移植物抗宿主病，即輸進去的供者淋巴細胞識別到正常受者的細胞，它認為不是自己的，所以對它造成攻擊，分為急性移植物抗宿主病和慢性移植物抗宿主病。急性移植物抗宿主病通常發生在移植後的早期，也是移植後最主要的併發症，也是最常見的死亡原因之一，常常會累及到皮膚、胃腸道、肝臟，甚至肺部。

2、常見的併發症是感染，因為只要進行大劑量的放化療，這時候有一段時間的骨髓抑制，會造成患者因為粒細胞缺乏而引起各種各樣的感染，包括細菌感染、真菌感染和病毒感染等。

3、常見的移植後併發症是移植物植入失敗或者移植物排斥，植入失敗通俗地講是種進去的幹細胞沒有正常植入，即種進去的種子沒有生根發芽。一般28天沒有植入，稱為原發植入失敗，這時要進行二次移植。移植物排斥是移植物種進去，正常植入了以後，一段時間因為各種原因導致移植物被排斥掉，這時原發疾病就會復發，比如白血病會復發，再生障礙性貧血又會恢復到原來的狀態，移植物排斥也需要進行重新移植，並且要進行及時處理。

4、復發，特別是白血病移植後有一部分原發疾病會發生復發，這時候需要重新治療。

5、遲發性出血性膀胱炎，這時候多數是跟病毒感染有關係，表現為尿頻、尿急、尿痛或者肉眼血尿，嚴重時可以出現小便出現血凝塊，甚至堵塞尿路。

6、移植後淋巴細胞增殖性疾病，多數跟病毒感染有關係，通常表現為持續性高熱、進行性血細胞減少、淋巴結腫大。這時候要進行活檢，這種併發症是一種進展比較迅速，病死率比較高的併發症，所以要進行定期的檢查及早期的干預治療。其他還有一些比如移植物功能不良，以及相關的微血管病、肝靜脈阻塞綜合徵等併發症。

三、遠期併發症：移植後一段時間，甚至患者長期存活這時發生一些併發症，比如因為大劑量放化療，患者容易發生第二腫瘤。另外，一些年輕的患者會引起生殖功能的損傷，有些不能生育，一些兒童在移植以後出現生長發育遲緩。

另外，最關鍵的是慢性移植物抗宿主病，慢性移植物抗宿主病通常發生在100天甚至更長時間。這時候患者往往累及口腔、皮膚，表現為皮膚的皮疹、苔蘚樣改變、口腔潰瘍、口腔黏膜苔蘚病變等，嚴重的會導致肺部併發症，比如繼發性肺炎等。這樣會導致給患者生活質量上造成嚴重的影響，甚至危及患者的生命。遠期併發症慢性移植物抗宿主病在早期及時的治療，多數是可以控制的，所以患者要認真地進行自我管理，自我觀察，早發現早治療。