結核性腦膜炎的治療療程相對較長，一般要達到18個月。結核性腦膜炎相對較重，主要是由於血行播散型的結核，在腦發病而引起的結核性腦膜炎。

結核性腦膜炎的治療相對比較棘手，因為藥物通過血-腦屏障會存在一定難度，所以在抗結核治療的過程中，一定要注意患者的本身情況，同時要根據患者情況足量的使用抗結核藥物進行治療。並且要注意保護患者的腦組織，避免進一步損傷，甚至有可能要進行腰穿，給予局部給藥。如果腦積水症狀比較嚴重，還要進行腦積水引流、減壓，並進行進一步的治療。