患者在抗癆結束治療後症狀如果未完全恢復，通常進入長期的慢性後遺症期，需進行長期功能鍛鍊與家庭護理，後遺症可能終身存在，給患者與家庭造成負擔。結核性腦膜炎是死亡率、致殘率較高的疾病，治療成功主要取決於能否早期診斷、早期治療。目前結腦早期診斷缺乏敏感性高、特異性強的檢查手段。不典型結核性腦膜炎病例存在逐年增多趨勢，導致較多結腦出現誤診造成預後不良，患者死亡率達到15%-20%。後遺症較多見，主要後遺症包括以下幾方面：

1、肢體活動障礙：佔到患者總數20%-25%，如偏癱、共濟失調等；

2、視聽覺障礙：佔到患者總數10%；

3、智力障礙：患者可出現智力與身體發育障礙。