結核性腦膜炎可以治癒，但容易留下後遺症，因為結核感染一般較為隱匿，表現不典型，急性期結核性腦膜炎很難被及時發現，從而得到及時有效治療。結核桿菌致病力較強，出現結核性腦膜炎時對腦實質損害嚴重，容易出現梗阻性腦積水等併發症。如果發現不及時會留下後遺症加重治療難度。

有時即使確診結核性腦膜炎不代表萬事大吉，現在結核桿菌耐藥多，多種抗結核桿菌藥物聯合使用效果不一定好，此類藥物一般副作用較大，因此結核性腦膜炎雖然部分人可以治癒，但一般治療較為困難。