結核性腦膜炎單純侵犯腦膜的程度較輕，如果影響腦組織結構，程度較嚴重。如果是根據治療情況來講，腦實質損害造成腦細胞死亡或者神經根受累，這種情況會遺留後遺症，也較為嚴重。

嚴重的患者治療後可能出現神志不清、遺留癱瘓或語言障礙、嚴重併發症，如合併消化道出血、肺部感染、呼吸衰竭等問題，可危及生命。此類患者一般需要住院治療，使患者的後遺症降到最低的程度。