腦炎在急性期通過正規治療，較少出現腦炎後遺症，多數患者預後較好。病情嚴重者可出現後遺症。根據腦組織損傷部位不同，臨床表現多種多樣，如痴呆、言語障礙、哭笑無常、多汗，以及癲癇發作，即反覆抽搐。還可出現智力障礙、肢體活動障礙，嚴重者出現植物生存狀態，即植物人。