隱球菌性腦膜炎缺乏特異性表現，故臨床誤診率極高。該病一般呈亞急性或慢性起病，發病初期易被誤診為感冒。隨病情發展後出現視力、聽力等異常，甚至發生失明、耳聾，也可能出現偏癱、感覺異常、行走不穩、癲癇、痴呆等表現。首診中需進行各項體格檢查，再通過頭顱核磁共振或頭顱CT排查，後行多次腰椎穿刺，在腦脊液中檢測到隱球菌才能確診。