隱球菌腦膜炎的治療效果和預後，與患者症狀、病情程度、有無基礎疾病等密切相關。該病最常見有頭痛表現，部分患者甚至出現爆炸樣、撕裂樣疼痛，通過脫水或引流術治療，引流出腦脊液即能減輕疼痛。同時進行病因治療，以抗真菌為主，治療藥物有兩性黴素B、兩性黴素B脂質體、氟康唑、氟胞嘧啶等，療效佳，預後良好。但伴有艾滋病、器官移植、糖尿病、系統性紅斑狼瘡等基礎疾病者，治療和預後相對較差。而且該病療程長，患者應規則服藥，不能自行停藥，以免復發。具體用藥請結合臨床，以醫生面診指導為主。