中藥和西藥都可以治療結締組織病，具體選擇使用哪種治療方法，要依據具體結締組織病種類以及病情輕重程度而定。如結締組織病中系統性紅斑狼瘡是一類危害性較大的疾病，由於可造成機體多臟器、系統損傷，因此治療中必須使用激素與免疫抑制劑儘快控制病情，單用中藥難以徹底控制病情進展。而對於以纖維肌痛綜合徵為代表的結締組織病，由於不會造成臟器、系統損傷，也無異常炎症指標，單純以疼痛症狀為主，因此可以採用中藥治療。

此外同一種疾病採用中藥、西藥治療也具有一定的選擇性，如干燥綜合徵單純以口乾、眼乾為主要表現，不存在重要臟器損傷，可以用中藥治療；但若存在重要臟器損傷，則必須加用激素與免疫抑制劑。因此採用中藥還是西藥治療結締組織病，並不是一成不變的，中西醫結合可以治療大多數結締組織病，在具體治療中應在醫師的指導下選擇，以儘早控制病情為主。