新型冠狀病毒感染後引起的肺炎會傷害肺部，也會影響胃腸道以及心臟。由於病毒感染為全身性感染，所以也可侵入消化道引起消化道黏膜充血、水腫和炎症，使患者出現噁心、嘔吐、腹痛、腹瀉等症狀。也可侵入眼結膜，引起結膜充血、水腫，甚至傷害心臟和大腦。

新型冠狀病毒肺炎主要通過呼吸道傳染，先感染上呼吸道的鼻腔與咽腔，使鼻腔和咽腔黏膜充血、水腫。感染後病毒入侵引起病毒複製，通過呼吸進入下呼吸道，通過呼吸道黏膜進入肺和支氣管，引起間質性肺炎和肺實質炎症。

隨著炎症逐漸發展，會充滿整個肺泡和肺間質，引起肺實質和間質的充血、水腫，導致整個肺的實變，俗稱大白肺，從而引起呼吸困難、胸痛、胸悶以及嚴重缺氧。病毒性肺炎所致呼吸困難較嚴重時，可能會引起呼吸衰竭，危及人體生命，所以最主要的傷害部位為肺部、氣管、支氣管以及肺實質與間質。