打流感疫苗會有不良反應，最為常見的不良反應就是注射疫苗的部位可能會出現痠痛、不舒服，但是隨著時間的延長，大約2-4天不良反應都會慢慢消失。部分人群接種完流感疫苗以後可能會發燒，還有極為個別患者可能會出現神經系統的問題，如格林-巴利綜合徵，都是非常少見的病例。

相對於打流感疫苗帶來的益處和保護作用相比，不良反應非常輕微，幾乎可以忽略不計。高危人群其實每年都應該接種流感疫苗，比如老年人、幼兒、孕婦和哺乳期的婦女以及有基礎疾病的人。