流感嗜血桿菌是細菌，所以抗感染治療有效，因為是革蘭氏陰性小桿菌，所以對β-內酰胺類，比如青黴素類、阿莫西林克拉維酸，頭孢二代、三代都有效。同樣其對喹諾酮類，比如左氧氟沙星、莫西沙星以及阿奇黴素等也有效。選擇抗感染藥物的種類以及劑量，要根據感染的部位以及感染的嚴重程度來定。

流感嗜血桿菌是革蘭氏陰性小桿菌，主要定植在呼吸道，所以流感嗜血桿菌通常會引起會厭炎、中耳炎、支氣管炎、肺炎，甚至可以引起心包炎等。患者可以通過血流引起菌血症、膿毒血癥，甚至侵襲到心內膜、關節等其它部位。