病毒性流感對於高危人群，推薦儘早開始抗病毒治療，流感重症病例的高危人群主要是65歲以上的老人、5歲以下的兒童以及孕婦、產婦，還有肥胖人群，以及具有基礎疾病尤其是具有呼吸系統、循環系統、腎臟疾病、肝臟疾病的人群。對於有基礎疾病的人群，建議是在48小時內使用抗病毒治療。現在常用抗病毒藥物是口服奧司他韋，有成人也有兒童的劑型。如果懷疑尤其是在流感的流行季節出現高燒、咳嗽、流涕時候就儘早治療，不一定要等到出檢測結果再治療，而是要取結果同時開始抗病毒治療。
如果不方便化驗，也要在懷疑的時候儘早吃藥。另外對於非高危人群，普通年輕人，如果是病情較重，感覺症狀在加重，也可以使用抗病毒治療，48小時內用，是能夠縮短病程，緩解症狀，減少重症病例的發生率。如果超過48小時症狀還在加重，也要建議抗病毒治療，還是有助於提早恢復，減少重症病例發生率。