孕婦吸菸對胎兒的影響最直接，而且是傷害非常大的一種行為。菸草當中含有很多有毒有害物質像苯類、重金屬，尼古丁是能夠影響神經興奮度的物質，這些物質通過吸菸進入到母親的血液循環當中，通過母親的血液循環到達胎兒體內。在胚胎髮育的早期，特別是在孕期的12周以內，是胚胎髮育的關鍵時期，各個組織器官都在成型的過程中。如果受到了像重金屬或者其它有害物質的侵蝕，整個胚胎的發育就會受到非常大的影響，可以預見將來嬰兒在出生以後，某些重要臟器像心臟、腎臟或者肺臟的功能可能會跟正常人明顯不同。
胚胎髮育的中後期，雖然在結構上胎兒的組織器官基本成型，但是後期主要是功能完善。功能完善過程中如果受到有毒有害物質的侵擾，胎兒重要的組織器官功能發育也是不健全的，導致嬰兒在出生以後整個身體的機能弱於正常人，得呼吸系統疾病的風險，或者得其它系統疾病的風險高於正常兒童。