小葉性肺炎多由感染原因引起，包括細菌感染、真菌感染、病毒感染。對於感染性疾病，要判定致病菌類型，比如細菌感染所致者，需選用抗生素進行治療，病毒感染、真菌感染需選用對應抗病毒、抗真菌藥物進行治療。

對於臨床上用藥後無明顯好轉的肺炎，稱為無反應性肺炎，要進一步檢查是否存在病原體耐藥或非感染性原因引起的小葉性肺炎，一般情況下還需要做纖支鏡等檢查進行診斷。