部分患兒有吸氣性呼吸困難，懷疑喉部或者咽部氣道有畸形或者軟化，需要通過氣管鏡檢查觀察。部分患兒出現不明原因的氣道阻塞，胸片表現為肺不張或者侷限性肺氣腫等，或疑似有異物吸入，胸片或者CT等影像學檢查也表現為肺不張、肺氣腫，均需進行氣管鏡檢查。根據異物大小，可能需要選擇比較粗的直接喉鏡，如果異物比較小，可以選擇纖支鏡。部分不明原因的慢性咳嗽患兒，也需要通過氣管鏡觀察肺部情況，並做相關病原學檢查。

另外，部分患兒在同一部位有反覆或者遷延不愈的肺炎，也需要用氣管鏡幫助診斷。若出現結核，其它方法都不能明確，也可以用氣管鏡進行診斷。部分孩子需要採取下呼吸道標本進行病原學診斷，還有比較疑難的疾病，包括食管氣管瘻、支氣管胸膜瘻等診斷或者治療，也可能會用到纖維支氣管鏡。如果有纖維支氣管鏡指徵，醫生肯定會和家長進行知情同意，經家長同意後，才能進行纖維支氣管鏡操作。