氣道支架植入以後，會存在一系列併發症，包括近期併發症和遠期併發症。
1、近期併發症：是指在支架植入以後兩週以內發生的併發症，包括刺激性咳嗽、胸痛、少量咯血、咳痰困難、發熱，與支架對氣道黏膜的刺激、對管腔的擴張、對病變組織的損傷以及影響排痰有關，對症治療以後多在一週以內消失。還有肺炎或肺不張，破碎的腫瘤組織和支氣管遠端的膿痰常引起近期支架內再阻塞。還可能出現支架移位、氣道穿孔、氣胸等，可因神經反射引發心臟驟停，大咯血等；
2、遠期併發症：支架移位；支架內再狹窄因腫瘤和肉芽增生，分泌物積聚引起支架內再狹窄；支架內再阻塞、引流不暢導致的反覆感染；支架斷裂；支架內分泌物瀦留；氣道壁細菌定植；突發性的氣道大出血、管壁穿孔。