氣管鏡檢查在總體上相對較安全，多沒有明確的後遺症，但可能引發併發症，如部分患者在做完支氣管鏡檢查後，可能出現鼻出血、咳嗽、咳痰、聲音嘶啞等較常見的症狀，部分患者會出現眼睛充血的的症狀。但可以很快消失，多數在1-2天之內可以完全恢復正常，不必過於擔心，無需進行治療。但使用支氣管鏡進行治療時，可能會對支氣管造成影響。