氣管食管瘻為呼吸科、胸外科、腫瘤科綜合疾病，治療相對困難。具體治療方法如下：

1、手術治療：若為良性瘻且部位較侷限，可採用手術方法修補或將該段瘻部位切除。但惡性瘻通常難以進行手術，術後易復發，修補困難；

2、支架堵塞瘻：常用氣管、食管支架。若患者為單純氣管狹窄，無食管狹窄，可選用氣管支架。具體根據患者情況進行選擇；

3、放入引流管：食道分泌物中存在異物，易嗆到氣管中，可放入引流管；

4、加強營養：患者往往無法進食，需做胃腸外營養；

5、加強抗感染：選擇合理的抗生素，必要時可於氣管鏡下將痰液、分泌物吸出。