肺大皰切除風險基本和其它肺手術相同。目前手術保障較為安全。主要存在肺漏氣、呼吸功能不全、胸腔感染、出血、切口疼痛、術後咳嗽等風險。但總體較為安全，通過手術可有效解決，且2/3患者術後症狀改善較明顯。但巨大大皰對於較小大皰因術前胸悶、憋氣症狀感受不明顯，故其術後改善也不太明顯。而多發性肺大皰術後療效相對較差。

肺小皰是指胸膜下肺大皰，其切除術後基本不會影響肺功能。而實質內肺大皰若不伴肺氣腫，術後可長期維持療效。但實質內肺大皰伴肺氣腫，一般術後5年內憋氣症狀逐漸達到術前水平，其不能維持療效的主要原因為肺氣腫逐漸加重，導致病情進展。此類患者5年改善率為50%，10年改善率為20%。