功能性腹痛綜合徵能夠治癒，這是功能性的疾病，需要綜合治療。治療目的是緩解症狀、改善功能。首先，不要吃太油炸、油膩、辛辣刺激的食物，以清淡的食物為主，多注意勞逸結合，鍛鍊身體，改善自己的體質，增加戶外活動。最重要的是讓患者主動參與治療，有助於控制病情。同時向精神科醫生諮詢，心理治療是緩解腹痛的精神壓力最重要的輔助治療，應該同時進行藥物治療和心理治療。根據患者的症狀嚴重程度，制定個體化的治療方案，可以緩解難治性慢性疼痛。