磁共振檢查是診斷垂體瘤較有價值的神經影像學檢查，在進行垂體瘤檢查時，常用的磁共振檢查為垂體及鞍區的增強磁共振掃描。其以垂體和鞍區為中心，進行局部的高清晰成像。同時通過注射造影劑的方法，能夠更好地顯示垂體瘤與周圍正常垂體之間的關係以及垂體瘤對頸內動脈、海綿竇等臨近結構的包繞、累及情況。

增強的磁共振掃描還有助於辨認垂體瘤以及垂體鞍區部位的其他病變，如垂體的Rathke囊腫(垂體膠樣囊腫)、頸內動脈瘤與鞍上向鞍內發展的顱咽管瘤。垂體及鞍區增強磁共振檢查，能夠有效將上述病變進行鑑別。在進行磁共振檢查時，建議包括軸位、冠狀位和矢狀位三個方向的磁共振掃描序列，以更好地觀察垂體瘤與周圍結構的關係，對制定具體的手術治療方案有一定幫助。